Il Decreto del Presidente della Repubblica 28/12/2000, n. 445, art. 53 detta le regole per la corretta esecuzione della registrazione di protocollo:

• il comma 1 elenca tra le informazioni da registrare obbligatoriamente, in forma non modificabile, il numero e la data di protocollo e l'impronta del documento informatico.
• il comma 3 impone che la registrazione di protocollo avvenga "in unica soluzione, con esclusione di interventi intermedi, anche indiretti, da parte dell'operatore".

Se si vogliono inserire data e numero di protocollo nel documento si pongono quindi due alternative, entrambe non praticabili:

• eseguire la registrazione del documento privo di firma, inserire data e numero di protocollo, firmarlo e trasmetterlo. In questo caso l'impronta registrata nel sistema sarebbe diversa da quella del documento trasmesso
• eseguire la registrazione del documento firmato, inserendo successivamente data e numero di protocollo. In questo caso l'inserimento di data e numero di protocollo corromperebbe la firma digitale.